Sebbene sia possibile, le persone con endometriosi hanno più difficoltà a rimanere incinta, specialmente se le ovaie e le tube uterine sono compromesse. Tuttavia, ci sono diverse segnalazioni di donne che sono state in grado di concepire naturalmente anche con la diagnosi di endometriosi profonda. Quando il tessuto endometriale che riveste l'utero internamente si diffonde attraverso la cavità addominale, può causare aderenze in vari tessuti e organi, compromettendone il funzionamento.